De acuerdo con el Artículo 47 del Reglamento del Instituto Municipal de Planeación, Innovación y Supervisión del Plan 2040 de San Miguel de Allende, Guanajuato:
«La Junta Directiva será la autoridad máxima dentro del Instituto y se integrará de la siguiente manera:
I. El presidente del Consejo Consultivo, quien la presidirá y tendrá voto de calidad en caso de empate;
II. El Director General del Instituto quien fungirá como Secretario Técnico;
III. El titular de la tesorería municipal;
IV. El titular de la contraloría municipal; y
V. Quien presida la Comisión de Patrimonio y Cuenta Pública del Ayuntamiento.